Напиши отчет на 1С, который сравнивает таблицу mx...

ниже — готовый каркас внешнего отчёта 1С (упростил до одной формы). Он:

• открывает .mxl (табличный документ),
• находит в нём колонки «Наименование регламентной формы» и «ГУИД ссылки регламентной формы»,
• сверяет со справочником РегламентированныеОтчеты (по реквизиту Наименование),
• выводит строки, где УИДОтчета не заполнен или не совпадает с GUID из .mxl.
  Если запись по наименованию в справочнике не найдена — помечаем это отдельным статусом (можете убрать, если не нужно).

Сохраните как внешний отчёт и повесьте одну форму с реквизитами ПутьКФайлу (Строка) и Результат (ТабличныйДокумент), плюс две команды: ВыбратьФайл и Сформировать.

1c
// Модуль формы внешнего отчёта

#Использовать СтандартныеПодсистемы // не обязательно; можно убрать

//-----------------------------------------------------------
// UI
//-----------------------------------------------------------

&НаКлиенте
Процедура ВыбратьФайл(Команда)
	Диалог = Новый ОткрытьФайлДиалог;
	Диалог.Заголовок = "Выберите MXL с таблицей регформ";
	Диалог.Фильтр = "Табличный документ (*.mxl)|*.mxl";
	Если Диалог.Выбрать() Тогда
		ПутьКФайлу = Диалог.ПолноеИмяФайла;
	КонецЕсли;
КонецПроцедуры

&НаКлиенте
Процедура Сформировать(Команда)
	Если ПустаяСтрока(ПутьКФайлу) Тогда
		Сообщить("Укажите путь к .mxl");
		Возврат;
	КонецЕсли;

	Попытка
		// читаем MXL на клиенте
		ТД = Новый ТабличныйДокумент;
		ТД.Прочитать(ПутьКФайлу);

		// ищем заголовки нужных колонок
		ОблИмя = ТД.Найти("Наименование регламентной формы");
		ОблGUID = ТД.Найти("ГУИД ссылки регламентной формы");

		Если ОблИмя = Неопределено Или ОблGUID = Неопределено Тогда
			Сообщить("В файле не найдены требуемые заголовки столбцов.");
			Возврат;
		КонецЕсли;

		СтрокаШапки = ОблИмя.ВерхняяГраница;
		КолонкаИмя  = ОблИмя.ЛеваяГраница;
		КолонкаGUID = ОблGUID.ЛеваяГраница;

		// получаем карту справочника: Наименование -> {Ссылка, УИДОтчета}
		Карта = ПолучитьКартуРегламентированныхОтчетов();

		// готовим результирующую таблицу
		Таб = Новый ТаблицаЗначений;
		Таб.Колонки.Добавить("Наименование");
		Таб.Колонки.Добавить("УИД_Справочника");
		Таб.Колонки.Добавить("GUID_ИзMXL");
		Таб.Колонки.Добавить("Статус");

		// проходим строки под шапкой; завершаем после серии пустых
		ПустыхПодряд = 0;
		МаксПустыхПодряд = 10;
		ТекСтрока = СтрокаШапки + 1;

		Пока ПустыхПодряд < МаксПустыхПодряд Цикл
			Имя = СокрЛП(ПолучитьТекстЯчейки(ТД, ТекСтрока, КолонкаИмя));
			GUIDизMXL = СокрЛП(ПолучитьТекстЯчейки(ТД, ТекСтрока, КолонкаGUID));

			Если ПустаяСтрока(Имя) И ПустаяСтрока(GUIDизMXL) Тогда
				ПустыхПодряд = ПустыхПодряд + 1;
				ТекСтрока = ТекСтрока + 1;
				Продолжить;
			Иначе
				ПустыхПодряд = 0;
			EndIf;

			Статус = "";
			УИДСпр = "";

			Если Карта.СодержитКлюч(Имя) Тогда
				СтруктураЭлемента = Карта.Получить(Имя);
				УИДСпр = Строка(СтруктураЭлемента.УИДОтчета);

				Если ПустаяСтрока(УИДСпр) Тогда
					Статус = "УИД в справочнике не заполнен";
					ДобавитьСтрокуВывода(Таб, Имя, УИДСпр, GUIDизMXL, Статус);
				Иначе
					Если Не РавныGUID(УИДСпр, GUIDизMXL) Тогда
						Статус = "УИД не совпадает с GUID из MXL";
						ДобавитьСтрокуВывода(Таб, Имя, УИДСпр, GUIDизMXL, Статус);
					КонецЕсли;
				КонецЕсли;

			Иначе
				// Если нужно выводить только несовпадения при наличии записи — закомментируйте следующую строку
				ДобавитьСтрокуВывода(Таб, Имя, "", GUIDизMXL, "Не найдено в справочнике");
			КонецЕсли;

			ТекСтрока = ТекСтрока + 1;
		КонецЦикла;

		// выводим результат в табличный документ формы
		Результат = Новый ТабличныйДокумент;
		Результат.Вывести(Таб);
		Результат.АвтоМасштаб = Истина;
		ОповеститьОбИзменении("Результат");

	Исключение
		Сообщить("Ошибка при обработке файла: " + ОписаниеОшибки());
	КонецПопытки;
КонецПроцедуры

//-----------------------------------------------------------
// Вспомогательные процедуры/функции (клиент)
//-----------------------------------------------------------

&НаКлиенте
Процедура ДобавитьСтрокуВывода(Таблица, Имя, УИДСпр, GUIDизMXL, Статус)
	НСтр = Таблица.Добавить();
	НСтр.Наименование       = Имя;
	НСтр.УИД_Справочника    = УИДСпр;
	НСтр.GUID_ИзMXL         = GUIDизMXL;
	НСтр.Статус             = Статус;
КонецПроцедуры

&НаКлиенте
Функция ПолучитьТекстЯчейки(ТД, НомерСтроки, НомерКолонки) Экспорт
	Обл = ТД.ПолучитьОбласть(НомерКолонки, НомерСтроки, НомерКолонки, НомерСтроки);
	Возврат ТД.ПолучитьТекст(Обл);
КонецФункции

&НаКлиенте
Функция НормализоватьGUID(Зн) Экспорт
	Стр = НРег(Строка(Зн));
	Стр = СтрЗаменить(Стр, "{", "");
	Стр = СтрЗаменить(Стр, "}", "");
	Стр = СтрЗаменить(Стр, "-", "");
	Стр = СокрЛП(Стр);
	Возврат Стр;
КонецФункции

&НаКлиенте
Функция РавныGUID(G1, G2) Экспорт
	Возврат НормализоватьGUID(G1) = НормализоватьGUID(G2);
КонецФункции

//-----------------------------------------------------------
// Сервер: чтение справочника
//-----------------------------------------------------------

&НаСервере
Функция ПолучитьКартуРегламентированныхОтчетов() Экспорт
	Карта = Новый Соответствие;

	Запрос = Новый Запрос(
		"ВЫБРАТЬ
			|	РОтчеты.Ссылка КАК Ссылка,
			|	РОтчеты.Наименование КАК Наименование,
			|	РОтчеты.УИДОтчета КАК УИДОтчета
			|ИЗ
			|	Справочник.РегламентированныеОтчеты КАК РОтчеты"
	);

	Для Каждого Стр Из Запрос.Выполнить().Выгрузить() Цикл
		Карта.Вставить(Стр.Наименование,
			Новый Структура("Ссылка,УИДОтчета", Стр.Ссылка, Стр.УИДОтчета));
	КонецЦикла;

	Возврат Карта;
КонецФункции

Как это использовать

1. Создайте внешний отчёт и добавьте форму с реквизитами ПутьКФайлу (строка) и Результат (ТабличныйДокумент).
2. Добавьте кнопки «ВыбратьФайл» и «Сформировать», привяжите их к одноимённым процедурам.
3. В .mxl должны быть текстовые заголовки колонок точно как в условии.
4. После «Сформировать» вы получите таблицу с колонками:

• Наименование
• УИД_Справочника
• GUID_ИзMXL
• Статус (пустой УИД, несовпадение, либо «Не найдено в справочнике»)

Если хотите исключить строки «Не найдено в справочнике», просто закомментируйте/удалите соответствующий вызов ДобавитьСтрокуВывода в блоке Иначе (где Карта.СодержитКлюч(Имя) = Ложь).