请你阅读这篇动物pdf论文实验设计思路，并结合论文原文以一段简洁但完整的科学性语言来介绍Fig1,F...

该论文以多组学、多组织协同的系统生物学方法，研究鸡产蛋性能背后的复杂遗传与生理调控机制，利用全基因组关联研究（GWAS）与选择扫荡分析，整合多组织转录组数据，确定并验证影响产蛋性状的关键基因与内分泌调控机制。具体而言，图1与图2a-e的实验设计和结果可总结如下：

• Fig. 1 展示了对固始鸡888个个体进行的SNP-GWAS分析结果，通过Manhattan图与Q-Q图发现显著的微效和大效应位点，表明与产蛋相关的遗传位点广泛分布于多个染色体区域，尤其是GGA3和GGA24，暗示了TFAP2B、TFAP2D和THY1等基因可能显著影响产蛋性状。

• Fig. 2a 为三类鸡群体（红原鸡、本地鸡、蛋鸡）的系统发育树，揭示出清晰的群体遗传分化，证实人工育种造成明显的遗传区分。

• Fig. 2b 通过主成分分析（PCA），进一步确认群体间显著的遗传差异。

• Fig. 2c 呈现了三类鸡群体的连锁不平衡（LD）衰减趋势，蛋鸡群体具有最长的连锁区域，反映人工选择的强度更高。

• Fig. 2d 进行FST和π比值分析，确定了多组群体间的选择区域，这些区域包含可能经过人工选择的关键基因。

• Fig. 2e Venn图进一步明确了在不同群体间共有的关键选择基因（PSGs），为明确与产蛋性状相关的关键基因奠定了基础。

综上，这些实验通过遗传分析与群体比较，确定了产蛋性能的遗传基础及群体差异性状的选择信号，为进一步功能验证与调控机制解析提供了科学依据。