DUD.E生成decoy分子，为什么我48个smile号生成56个picked 文件，每个picke...

你这个结果基本是正常的：

1. 每个 picked 文件 51 个分子
   通常是 1 个原始 active + 50 个 decoys，所以不是“只有 50 个分子”，而是一个配体对应一个 picked 文件，里面共 51 个。DUD-E 官方说的是每个 active 配 50 个 decoys。(DUD-E)

2. 48 个 SMILES 生成 56 个 picked 文件
   说明 DUD-E 在预处理时可能把部分 SMILES 拆成/标准化成了多个可生成对象，比如：

   • 输入里有盐、混合物、多组分 SMILES；
   • 某些分子被展开成不同电荷态/质子化态/标准化形式；
   • 输入文件里实际有重复行或隐藏空行/格式问题；
   • 一个 SMILES 后面的 identifier 解析异常，导致被当成多个条目。

   你可以检查每个 picked 文件名对应的编号，再和输入 SMILES 的 ID 对照；也可以先把 SMILES 标准化、去盐、去重后再提交。

3. DUD.Z / DUDE-Z 注册问题
   DUDE-Z 官网写的是在线 decoy-making service 通过 TLDR 使用，并且“Login and select Dude”。(Dudez) 所以用 DUDE-Z 在线生成通常需要登录/账号。DUD-E 老的 Generate 页面则允许匿名用户提交，但要填邮箱和 CAPTCHA。(DUD-E)

4. 一定要注册才能生成 decoy 吗？
   不一定。

   • 用 DUD-E：一般不需要注册，匿名 + CAPTCHA 即可。
   • 用 DUDE-Z/TLDR：大概率需要登录。
   • 注册不成功时，可以先继续用 DUD-E，或用本地/替代工具如 DUDEZ GitHub、DeepCoy、LUDe。