整体上能验证你要验证的点（“这份 BAM 里应该只剩 unique mapping，不做二次过滤，只做断言/抽查”），而且你这次的输出 NH_ASSERT_PASS 与 header 里的 --outFilterMultimapNmax 1 是一致的。

不过也有几个边界/漏洞要知道（不影响你目前的“抽查式验证”的结论，但影响“100% 全量断言”的强度）：

你现在这套检查，究竟验证了什么？

1) header 检查

你抓到了 STAR 的命令行里有：

• --outFilterMultimapNmax 1

这说明当时 STAR 的配置意图是：只保留最多 1 个定位（即 unique）能通过过滤的 reads。

这属于“参数痕迹/证据”，但它本质上是记录，不是对 BAM 内容的强约束（理论上 header 可被改写，虽然实际不常见）。

2) NH 抽查检查

你做的是：

• 在 BAM 的前 200,000 条 alignment 记录里，若存在 NH:i:，则断言所有 NH==1

结果 NH_ASSERT_PASS 表示：
在抽查范围内，所有带 NH 标签的记录都满足 NH=1（没有发现 NH≠1 的多定位残留）。

这对“STAR unique 输出是否如预期”是很直接的佐证。

---

但它还没做到“强断言”的地方

A) 你只看了 head 200k（抽样偏差）

如果 BAM 很大，前 200k 没问题不代表后面一定没问题。

✅ 更强但仍然高效的做法：全量扫描但遇到第一个异常就立刻退出（不会真的扫完整个文件，除非确实都 OK）。

B) 你当前 awk 逻辑会“放过没有 NH 标签的记录”

你现在是：

• 找不到 NH ⇒ nh="" ⇒ 不计入 bad

如果你想验证“所有主比对记录都必须有 NH 且等于 1”，那应该把 nh=="" 也判 fail（至少对 mapped primary）。

C) 没显式排除 secondary / supplementary

一般来说，多重比对会带来 secondary（0x100）或 supplementary（0x800），而这些有时也值得做个计数断言。
不过在 STAR 且 outFilterMultimapNmax 1 的情况下，通常不会有多重比对残留，但做个计数更踏实。

---

给你一套“更硬核”的断言版本（不二次过滤，只验证）

1) 全量、遇到异常立刻退出：要求 NH 存在且为 1（只看 primary mapped）

bash
samtools view -@ 8 -F 2308 "$BAM" \
| awk 'BEGIN{FS="\t"}
{
  nh="";
  for(i=12;i<=NF;i++) if($i ~ /^NH:i:/){split($i,a,":"); nh=a[3]; break}
  if(nh=="" || nh!=1){
    print "NH_ASSERT_FAIL qname="$1" nh="nh > "/dev/stderr";
    exit 1
  }
}
END{print "NH_ASSERT_PASS_ALL_PRIMARY_MAPPED"}'

• -F 2308 = 排除：unmapped(4) + secondary(256) + supplementary(2048)
• 这条命令是全量断言：任何一个主比对 mapped 记录只要 NH 缺失或不为 1，就立刻报错退出。

如果你不想强制 “NH 必须存在”，只想断言 “若存在 NH，则必须为 1”，把 nh=="" 那个条件去掉即可。

2) 额外加两个计数断言（可选但常用）

bash
samtools view -c -f 256 "$BAM" | awk '{print "SECONDARY_COUNT="$1}'
samtools view -c -f 2048 "$BAM" | awk '{print "SUPPLEMENTARY_COUNT="$1}'

• 对“严格 unique 且不允许任何 secondary/supp”来说，这两个最好都为 0
• 如果 supplementary > 0，可能是嵌合/分裂比对之类（看你的数据和预期是否允许）

---

结论

• 你现在得到的 NH_ASSERT_PASS + header 显示 outFilterMultimapNmax 1，可以验证“抽查范围内确实是 unique 输出，没有发现 NH≠1”。
• 如果你希望把它升级成可用于流水线里强制失败的硬断言，建议用我上面的“全量、遇错即停”版本，并明确是否要求 NH 必须存在、是否允许 supplementary。

如果你告诉我：你对 supplementary（嵌合/剪接导致的分裂比对）是“允许/不允许”，我可以把 -F 的策略和断言口径帮你定成最贴合你项目定义的“unique”。

看截图不像“卡住在输入”，而是命令正在跑：你已经把最后一行敲完了（没有再出现 > 续行提示），现在光标停在下一行但还没回到 shell 提示符，通常就是管道在执行中。

这条会不会“看起来像卡住”很正常，因为：

• samtools view ... "$BAM_TEST" 会顺序扫完整个 BAM（即使你 -f 64 只要 read1，也得把全文件过一遍）
• bedtools bamtobed 单线程，往往是瓶颈，samtools 会被管道反压住，看起来“没动静”

你可以用下面几招确认到底是在跑还是死了（不破坏进程）：

1) 看输出文件是否在增长

开另一个终端（推荐）：

bash
ls -lh "$W/reads.blocks.r1.bed"
wc -l  "$W/reads.blocks.r1.bed"

隔几十秒再跑一次：如果 size / 行数在涨，就在正常跑。

2) 看进程有没有在干活

bash
ps -u "$USER" -o pid,etime,pcpu,pmem,cmd | egrep 'samtools view|bedtools bamtobed|awk' | grep -v egrep

• pcpu 有值、etime 在走：正常
• pcpu 接近 0 但文件在涨：多半是 I/O 慢（NFS/磁盘）也正常
• pcpu 0 且文件长时间不涨：才更像“卡住/堵住”

3) 快速 sanity check（跑一小段看看能不能出东西）

bash
samtools view -b -F "$EXCL" -f 64 "$BAM_TEST" \
| head -c 1000000 > /dev/null && echo OK

如果这都很快 OK，说明 samtools 输出没问题；慢的话就是 BAM/IO 本身慢。

---

小优化（可选）

你现在 -b 会把输出重新压缩成 BAM 再喂给 bedtools；管道里更快的写法一般是用 uncompressed BAM：

bash
samtools view -u -F "$EXCL" -f 64 "$BAM_TEST" \
| bedtools bamtobed -split -i - \
| awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{$4=$4"/1";print}' > "$W/reads.blocks.r1.bed"

---

如果你愿意，把下面两条的输出贴一下我就能更确定是“正常慢”还是“真堵住”：

1. ls -lh "$W/reads.blocks.r1.bed"
2. ps -u "$USER" -o pid,etime,pcpu,cmd | egrep 'samtools view|bedtools bamtobed' | grep -v egrep

这不是报错，是 conda 的提示/警告（WARNING）：告诉你 conda 有更新版本。

• 你现在的 conda：25.7.0
• 官方仓库里可用的最新：25.11.1
• 所以它建议你在 base 环境里跑一次更新：

  bash
  conda update -n base -c conda-forge conda

需要处理吗？

• 不影响你当前命令的成功/失败（只是提醒）。
• 在服务器/集群上如果你不想动 base（怕影响别的环境），完全可以先忽略。

不想每次都提示（可选）

bash
conda config --set notify_outdated_conda false

如果你是因为“卡住/不动了”才注意到这段输出：通常真正卡住的是后面还在下载/安装/解依赖；你可以把它后续有没有 Proceed ([y]/n)? 或下载进度那段也截一下，我再帮你判断是否真卡。

samtools view 里的 -f 64 是 按 FLAG 过滤，意思是：

✅ 只保留 FLAG 中包含 64 这个位的记录
也就是：只输出 paired-end 里的 read1（第一端 / R1 / mate1）

---

具体含义

在 SAM/BAM 里：

• 64 = 0x40 = this is the first read in the pair
• 128 = 0x80 = this is the second read in the pair（read2 / R2）

所以你这条：

bash
samtools view -b -F $EXCL -f 64 "$BAM_TEST"

等价于：
👉 “只取 read1 的比对记录（并且还会额外排除掉 $EXCL 指定的那些FLAG）”

---

常见搭配

• 只取 read1：

bash
samtools view -f 64

• 只取 read2：

bash
samtools view -f 128

• 同时取 read1+read2（也就是不按 read1/read2 过滤）： 不加 -f 64 / -f 128

---

如果你愿意把 $EXCL 的值贴出来，我也可以帮你解释 -F $EXCL 具体排除了哪些 reads（通常是 unmapped/secondary/supplementary 等）。

可以的，而且确实有用 👍
你这条命令现在慢，主要瓶颈在 samtools 和 I/O，可以通过 加线程 明显改善一部分。

---

一句话结论

👉 给 samtools view 加 -@ 线程参数
👉 同时把 -b 改成 -u（不压缩）
这是你现在这条管道里性价比最高的加速方式

---

你现在的命令

bash
samtools view -b -F $EXCL -f 64 "$BAM_TEST" \
| bedtools bamtobed -split -i - \
| awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{$4=$4"/1";print}' \
> "$W/reads.blocks.r1.bed"

问题点

1. samtools view -b
   • 会 多线程解压 + 单线程再压缩 BAM
   • 压缩是 CPU + IO 都慢
2. bedtools bamtobed
   • 单线程，无法加速
   • 所以 samtools 常被“堵住”

---

推荐的加速版本（安全、常用）

✅ 版本 1：最推荐

bash
samtools view -@ 8 -u -F "$EXCL" -f 64 "$BAM_TEST" \
| bedtools bamtobed -split -i - \
| awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{$4=$4"/1";print}' \
> "$W/reads.blocks.r1.bed"

为什么这样更快？

• -@ 8
  👉 samtools 8 线程解压 BAM
• -u
  👉 输出 未压缩 BAM（pipe 专用，快很多）
• bedtools 直接吃 uncompressed BAM，吞吐量更高

📌 通常能比原来 快 1.5–3 倍（取决于磁盘）

---

能不能再快一点？

现实情况（重要）

• ❌ bedtools bamtobed 不能多线程
• ❌ awk 也基本是单线程
• ✅ samtools 只能加速“读 BAM”这一步

所以：

再怎么加 -@，超过 8–16 核收益就很小了

推荐线程数经验值

• 本地 SSD / 高速并行存储：-@ 8 或 -@ 12
• NFS / 网络盘：-@ 4~8 就够了（再大是浪费）

---

快速确认是不是在“正常慢”

你可以跑这个看看 CPU 是否在用：

bash
top -u $USER

• samtools 占 CPU → 正常跑
• bedtools 占 CPU + IO 高 → 瓶颈在 bedtools（正常）

---

总结

✔ 能加速
✔ 只需要改 samtools 一个参数就行
✔ 最推荐组合：samtools view -@ N -u

如果你愿意，我也可以：

• 帮你把 R1 / R2 一次性并行拆出来
• 或帮你评估 是否值得换成 samtools fastq / paftools 流程

你现在用的机器大概有多少核？（nproc 一下就行）

那就直接用 8 或 12 线程比较合适（16 也能用，但收益通常不再线性，反而容易把 I/O 或 bedtools 卡住）。

把你的命令改成这样就行（推荐）：

bash
samtools view -@ 12 -u -F "$EXCL" -f 64 "$BAM_TEST" \
| bedtools bamtobed -split -i - \
| awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{$4=$4"/1";print}' \
> "$W/reads.blocks.r1.bed"

要点：

• -@ 12：samtools 解压/读取用 12 线程（16 核机器很常用的取值）
• -u：不压缩输出（走管道最快），比你原来的 -b 快不少
• bedtools bamtobed 还是单线程，所以别指望把 -@ 拉到 32 还能快很多

如果你发现 12 线程 CPU 很满但速度没提升，说明瓶颈在磁盘或 bedtools；这时可以试试 -@ 8（有时反而更稳更快）：

bash
samtools view -@ 8 -u -F "$EXCL" -f 64 "$BAM_TEST" | ...

想快速判断是不是 I/O 卡住：跑的时候看一下输出文件是否在涨（涨就没卡住）：

bash
ls -lh "$W/reads.blocks.r1.bed"
wc -l  "$W/reads.blocks.r1.bed"

明白 👍 那就直接按 16 个核心来跑，不纠结了。

1️⃣ 先确认机器确实是 16 核（你可以跑这个）

bash
nproc

如果输出是 16（或 ≥16），那下面的用法就是合理的。

---

2️⃣ 按 16 核给你一条“直接用”的命令

这是在你原命令基础上只做加速、不改语义的版本：

bash
samtools view -@ 16 -u -F "$EXCL" -f 64 "$BAM_TEST" \
| bedtools bamtobed -split -i - \
| awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{$4=$4"/1";print}' \
> "$W/reads.blocks.r1.bed"

这条命令做了什么

• -@ 16
  👉 samtools 用 16 个线程读 / 解压 BAM
• -u
  👉 管道里用 未压缩 BAM（比 -b 快很多）
• 其余逻辑 和你原来完全一致
  • -f 64：只取 read1
  • -F $EXCL：排除你定义的那些 FLAG
  • bedtools bamtobed -split：拆 exon/block
  • awk：给 read 名加 /1

---

3️⃣ 心里要有的预期（很重要）

• samtools 这一步会明显快
• 整体速度仍可能被 bedtools bamtobed 限制（它是单线程）
• 所以：
  • 16 核 ✔ 可以用
  • 但不一定比 12 核快很多（这是工具本身的上限，不是你用错）

---

4️⃣ 如果你想确认“16 核真的吃上了”

跑的时候开个窗口：

bash
top -u $USER

看到：

• 一个 samtools view 进程占好几个核心（>100% CPU） → 正常
• bedtools bamtobed 基本 100% 左右 → 正常瓶颈

---

如果你后面还觉得慢，下一步可以考虑的是：

• R1 / R2 并行跑两个管道
• 或换成 samtools + paftools 路线（更偏底层、更快）

你现在这个步骤是在整个流程里最慢的一步之一，慢不是你操作问题，这点你可以放心。

好，这个可以加，而且很实用 😄
在你这个 samtools → bedtools → awk 的长管道里，最靠谱的进度条方案就是 pv。

下面我直接给你可直接用的版本。

---

✅ 最推荐：用 pv（按 BAM 总 reads 数显示进度）

1️⃣ 先算 BAM 里一共有多少条 reads（一次性）

bash
TOTAL=$(samtools idxstats "$BAM_TEST" | awk '{s+=$3+$4} END{print s}')
echo "TOTAL_READS=$TOTAL"

说明：

• $3 = mapped
• $4 = unmapped
• 两个加起来 = BAM 里记录总数
• 这是 O(索引) 的操作，很快

---

2️⃣ 带进度条的 16 核版本命令

bash
samtools view -@ 16 -u -F "$EXCL" -f 64 "$BAM_TEST" \
| pv -l -s "$TOTAL" \
| bedtools bamtobed -split -i - \
| awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{$4=$4"/1";print}' \
> "$W/reads.blocks.r1.bed"

你会看到什么？

• pv 会显示：
  • 已处理行数
  • 百分比
  • 速度（reads/s）
  • ETA（预计剩余时间）

类似这样：

 3.2M  18% [=====>        ]  120k/s  ETA 0:21:34

---

⚠️ 一个重要说明（避免误解）

你现在有 -f 64（只取 read1），但：

• pv -l -s "$TOTAL" 用的是 整个 BAM 的总行数
• 所以：
  • 百分比会 略偏保守
  • 但 进度趋势 & ETA 是稳定、可用的

👉 实际经验：完全够用，比“黑屏等”强太多

---

🧠 可选：更“严格”的 read1 进度（不太推荐）

如果你非要“read1 精确进度”，必须先数一遍 read1：

bash
R1_TOTAL=$(samtools view -c -f 64 "$BAM_TEST")

然后：

bash
samtools view -@ 16 -u -F "$EXCL" -f 64 "$BAM_TEST" \
| pv -l -s "$R1_TOTAL" \
| bedtools bamtobed -split -i - \
| awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{$4=$4"/1";print}' \
> "$W/reads.blocks.r1.bed"

⚠️ 缺点：

• samtools view -c -f 64 本身要 扫一遍 BAM
• 等于你总共扫 两遍文件

👉 除非你对 ETA 特别苛刻，否则不推荐

---

✅ 最终推荐给你的“标准模板”

以后你可以直接复用这套：

bash
TOTAL=$(samtools idxstats "$BAM" | awk '{s+=$3+$4} END{print s}')

samtools view -@ 16 -u -F "$EXCL" -f 64 "$BAM" \
| pv -l -s "$TOTAL" \
| bedtools bamtobed -split -i - \
| awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{print}' > out.bed

---

如果你愿意，我也可以帮你：

• 把 R1 / R2 两个管道并行 + 各自进度条
• 或做一个 bash 函数版，以后直接一行调用

你现在这个需求提得非常对 👍，长管道没进度条真的很反人类。

这俩其实是一致的，不是哪里算错了。

你这次得到的数：

• TOTAL_READS = 265,021,990
• R1 reads = 132,510,995

注意：
132,510,995 × 2 = 265,021,990（刚好一模一样）

所以发生的事情是：

为什么会“不一样”

1) samtools idxstats 你算到的是 整个 BAM 的记录总数（R1+R2）

你用的是：

bash
samtools idxstats "$BAM_TEST" | awk '{s+=$3+$4} END{print s}'

这相当于把 BAM 里（通过索引）统计到的所有 read 记录都加起来了——对于 paired-end 来说通常就是 R1 + R2 两端的总和。

2) samtools view -c ... -f 64 你算的是 只取 read1（R1），而且还应用了 -F $EXCL

你用的是：

bash
samtools view -c -F $EXCL -f 64 "$BAM_TEST"

• -f 64：只数 pair 里的第一端（R1）
• -F $EXCL：再把你排除的那些 FLAG 去掉

所以它天然应该接近 TOTAL 的一半（paired-end 的 R1、R2 数量通常相等），你这里刚好完美对半，说明 BAM 很“规整”。

---

进度条该用哪个数？

• 如果你这条管道确实是 -f 64 只跑 R1：
  ✅ 用 TOTAL_R1=132510995 最准确

  bash
  samtools view -@ 16 -u -F "$EXCL" -f 64 "$BAM_TEST" \
  | pv -l -s "$TOTAL_R1" \
  | bedtools bamtobed -split -i - \
  | awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{$4=$4"/1";print}' \
  > "$W/reads.blocks.r1.bed"

• 如果你不想为了算 TOTAL_R1 再扫一遍 BAM（很慢）：
  ✅ 也可以用 TOTAL_READS，只是进度会“慢一倍”（因为总量按 R1+R2 算的）

  bash
  samtools view -@ 16 -u -F "$EXCL" -f 64 "$BAM_TEST" \
  | pv -l -s "$TOTAL" ...

---

顺便：你两个提示符不一样（c54 vs c58）

你贴的日志里，一个是在 c54，一个在 c58。如果这是集群不同节点，只要 $BAM_TEST 指向同一个共享路径文件，结果就应该一致；你这里数值能严格对半，也侧面说明文件是一致的。

如果你把 $EXCL 的具体值贴一下，我还能帮你确认它到底排除了哪些（比如是否排除 secondary/supp/unmapped），以及会不会影响计数口径。

行，那就把你要跑的命令直接整理成**“16 核 + 进度条 + R1 精确总量”**的一条可执行版本（你前面已经算出 TOTAL_R1=132510995 了）。

直接执行（用你已经算好的 TOTAL_R1）

bash
samtools view -@ 16 -u -F "$EXCL" -f 64 "$BAM_TEST" \
| pv -l -s "$TOTAL_R1" \
| bedtools bamtobed -split -i - \
| awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{$4=$4"/1";print}' \
> "$W/reads.blocks.r1.bed"

如果你想“一次性”把 TOTAL_R1 也算出来再跑（两行）

注意：这会先 samtools view -c ... 扫一遍 BAM 统计 R1，所以总共会读 BAM 两次（但进度更准）。

bash
TOTAL_R1=$(samtools view -c -F "$EXCL" -f 64 "$BAM_TEST")
echo "R1 reads = $TOTAL_R1"

samtools view -@ 16 -u -F "$EXCL" -f 64 "$BAM_TEST" \
| pv -l -s "$TOTAL_R1" \
| bedtools bamtobed -split -i - \
| awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{$4=$4"/1";print}' \
> "$W/reads.blocks.r1.bed"

跑的时候你会看到 pv 的进度条

会显示已处理行数/百分比/速度/ETA。

如果你跑起来发现进度条不动，90% 是输出文件没增长或管道堵住；你可以随手看一眼：

bash
ls -lh "$W/reads.blocks.r1.bed"

可以，先把**第一个（R1）**写成「总共用 30 核 + pv 进度条（用你那个 132510995）」的版本。

⚠️ 关键点：你原来 samtools view -b 输出的是 BAM（二进制），pv -l 没法按“行/reads”计数；所以要想用 pv -l -s 132510995 这种“按 reads 数显示进度”，需要先把 BAM 转成 SAM（文本、每条一行）给 pv 数行，再转回 BAM 给 bedtools 吃。语义不变，只是多了一次格式转换来换进度条。

bash
TOTAL_R1=132510995   # 你刚才算出来那个“13 开头”的数

samtools view -@ 28 -h -F "$EXCL" -f 64 "$BAM_TEST" \
| pv -l -s "$TOTAL_R1" \
| samtools view -@ 2 -u - \
| bedtools bamtobed -split -i - \
| awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{$4=$4"/1";print}' \
> "$W/reads.blocks.r1.bed"

• -@ 28 + -@ 2：两段 samtools 加起来用 30 个线程（更贴合你“申请了 32 核、先用 30 核”的想法）
• 第一段加了 -h：把 header 一起输出，保证后面的 samtools view -u - 能正确生成 BAM
• 第二段用 -u：输出未压缩 BAM，给管道/bedtools 更快

想确认 pv 在不在：

bash
command -v pv || echo "pv not found"

你跑完这个 R1 没问题的话，我再按同样方式把第二个（R2）和后面的 cat 一起给你串起来（也可以给总进度）。

对，第二个（-f 128）如果你也想要“百分比/ETA 精确”，最好也有一个 TOTAL_R2。但你这个 BAM 很规整的话，通常 TOTAL_R2 == TOTAL_R1（你现在就是严格 2 倍关系），所以也可以直接复用 TOTAL_R1。

另外你提到“算 blocks 的进度”：这个要注意——

• pv -l 能精确数“输入的 reads/alignments”（SAM 一行一个比对记录）
• 但 bedtools bamtobed -split 输出的 blocks 行数是不固定的（一个 read 可能拆成 1 行、2 行、很多行，取决于 CIGAR/剪接），所以没法事先给出一个准确的 blocks 总数来做百分比
  👉 你可以给 blocks 加一个“速度条”（lines/s），但百分比只能估算或先全跑一遍统计（不划算）

---

1) 第二个命令：先算 TOTAL_R2（最稳），再加进度条（按 reads）

bash
TOTAL_R2=$(samtools view -c -F "$EXCL" -f 128 "$BAM_TEST")
echo "R2 reads = $TOTAL_R2"

samtools view -@ 28 -h -F "$EXCL" -f 128 "$BAM_TEST" \
| pv -l -s "$TOTAL_R2" \
| samtools view -@ 2 -u - \
| bedtools bamtobed -split -i - \
| awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{$4=$4"/2";print}' \
> "$W/reads.blocks.r2.bed"

这里我还是按你说的“用 30 个核”分配：28 + 2 = 30。

如果你确认 R1/R2 数完全一样（你现在就是），那也可以直接：

bash
TOTAL_R2=$TOTAL_R1

---

2) 如果你想看 “blocks 输出速度”（但不做百分比）

在 bedtools 后面再插一个 pv -l（不带 -s）就行：

bash
samtools view -@ 28 -h -F "$EXCL" -f 128 "$BAM_TEST" \
| pv -l -s "$TOTAL_R2" \
| samtools view -@ 2 -u - \
| bedtools bamtobed -split -i - \
| pv -l \
| awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{$4=$4"/2";print}' \
> "$W/reads.blocks.r2.bed"

• 第一个 pv：reads 进度（有百分比/ETA）
• 第二个 pv：blocks 行输出速度（没有百分比，但能看到 lines/s 在跑）

---

3) 小提醒（很关键）

你现在这套“按 reads 的 pv 百分比”的做法之所以要 -h 输出 SAM，是为了让 pv -l 真的能“按行数 reads”来计数；这会比纯 BAM 流多一点开销。
如果你后面觉得“加了 pv 反而更慢”，我可以给你换成 按 BAM 字节数的 pv（几乎不减速，也有百分比/ETA）——但那个进度是按文件读了多少字节，不是按 reads 数。

---

你先把 R2 这条跑通的话，把你想要的“最终三条命令整合版（R1+R2+cat）”我也可以按同样口径一次性写给你。

大概率没卡住，这是正常现象。

你这句：

bash
TOTAL_R2=$(samtools view -c -F "$EXCL" -f 128 "$BAM_TEST")

samtools view -c 为了得到“精确计数”，需要把整个 BAM 扫一遍（你这个量级 2.65e8 条记录），而且因为你用的是 命令替换 $()，在它跑完之前终端不会输出任何东西、也不会回到提示符，所以看起来就像“挂住了”。

---

怎么确认它是在跑（不是死了）

开另一个终端/窗口执行：

bash
ps -u $USER -o pid,stat,etime,pcpu,cmd | grep -E 'samtools view -c' | grep -v grep

如果能看到进程、etime 在增长、pcpu 有数值（哪怕不高），就是在跑。

---

让它用到你申请的 30 核（你现在这条没加线程）

给 samtools view 加 -@：

bash
TOTAL_R2=$(samtools view -@ 30 -c -F "$EXCL" -f 128 "$BAM_TEST")
echo "R2 reads = $TOTAL_R2"

这会让解压/读取部分多线程，通常会快一些（最终仍受磁盘 I/O 影响）。

---

更省事的做法：R2 直接等于 R1（避免再扫一遍 BAM）

你前面已经算出：

• TOTAL_READS = 265021990
• TOTAL_R1 = 132510995 而且 TOTAL_READS = 2 × TOTAL_R1，说明这份数据非常规整（R1/R2 对称）。

所以第二个可以直接：

bash
TOTAL_R2=$TOTAL_R1
echo "R2 reads = $TOTAL_R2"

（如果你特别担心 -F "$EXCL" 会让 R1/R2 不完全相等，那就用上面的 -@ 30 精确数一次。）

---

如果你把 echo "$EXCL" 的值贴一下，我还能顺便判断：它是否可能导致 R1/R2 不对称（比如只排除了某些只在一端出现的标记）。

可以加速，但要先讲清楚：这段里 bedtools intersect / join / awk 本身都不支持“加线程参数”（它们基本单线程）。想用到你申请的 30 核，主要靠两招：

1. 把 reads.blocks.bed 分成 30 份并行跑 30 个 bedtools intersect（这通常是最慢的一步，收益最大）
2. 把所有 sort 改成 GNU sort 的并行模式：sort --parallel=30（sort 在大文件上也很吃 CPU）

下面给你一个“可直接替换”的版本：先只改你第一段（生成 read_gene.intronContainedBlockN.tsv），其它段我也顺手给出怎么改线程。

---

A. 用 30 核并行加速第一段（推荐）

bash
T=30
export LC_ALL=C

TMPDIR="${W}/tmp.parallel.$$"
mkdir -p "$TMPDIR"

# 1) 把 A 文件按行均分成 30 份（连续切分，后续即使需要也容易保持局部有序）
split -n l/$T --additional-suffix=.bed "$W/reads.blocks.bed" "$TMPDIR/A."

# 2) 并行跑 bedtools intersect（30 个任务），先输出到一个中间文件
#    注意：这里的 awk 仍然做你原来的字段抽取：$4,$10,$1,$2,$3
#    --bar 是进度条（GNU parallel 自带）
parallel -j "$T" --bar \
  "bedtools intersect -a {} -b '$INTRON' -f 1.0 -wa -wb \
   | awk 'BEGIN{FS=OFS=\"\t\"}{print \$4,\$10,\$1,\$2,\$3}'" \
  ::: "$TMPDIR"/A.*.bed \
  > "$TMPDIR/intersect.tsv"

# 3) 后面保持你原逻辑，但把 sort 开并行、加速
sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" -u "$TMPDIR/intersect.tsv" \
| awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{k=$1"\t"$2; c[k]++} END{for(k in c) print k,c[k]}' \
| sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" -k1,1 -k2,2 \
> "$W/read_gene.intronContainedBlockN.tsv"

rm -rf "$TMPDIR"

这段能用到 30 核的点

• parallel -j 30 会启动 30 个 bedtools intersect（每个 1 核），总共吃满你的核数
• sort --parallel=30 会让 sort 自己开线程

---

B. 你问的“进度条”

• 上面 parallel --bar 已经有一个“整体进度条”（30 个分片完成多少）
• 如果你想像 pv 那种 ETA：可以把 parallel --bar 当作进度条用，通常够用了
  （pv 也能加，但在并行场景下意义没那么直观）

---

C. 后面几段怎么“能加的都加到 30 核”

你原来的后续基本是 join/sort/awk，其中只有 sort 能并行。所以建议把所有 sort 都换成：

• sort --parallel=30 -T "$TMPDIR"（尽量用本地盘当临时目录）

例如你这些地方：

bash
join -t $'\t' -1 1 -2 1 "$W/read.blockN.tsv" "$W/read_gene.intronContainedBlockN.tsv" \
| awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{if($4==$2) print $1,$3}' \
| sort -k1,1 -k2,2 > "$W/intron.internal.cand.read_gene.tsv"

改成（同样加速 sort）：

bash
export LC_ALL=C
T=30
TMPDIR="${W}/tmp.sort.$$"; mkdir -p "$TMPDIR"

join -t $'\t' -1 1 -2 1 "$W/read.blockN.tsv" "$W/read_gene.intronContainedBlockN.tsv" \
| awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{if($4==$2) print $1,$3}' \
| sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" -k1,1 -k2,2 \
> "$W/intron.internal.cand.read_gene.tsv"

其它 sort 同理。

---

一个小提醒（别踩坑）

• 并行 intersect 会让 B 文件（INTRON）被读 30 次，如果 INTRON 很大且存储很慢，可能出现 I/O 瓶颈；这时可以把 -j 30 先降到 -j 16~24 更稳。但你既然申请了 32 核，先按 30 试完全 OK。

---

如果你愿意把：

• wc -l "$W/reads.blocks.bed"
• wc -l "$INTRON"
  贴一下，我可以判断瓶颈更像 CPU 还是 I/O，然后给你一个更合理的 -j 和 sort --buffer-size（有时能再快一截）。

从你截图看，不是“卡住”，而是你现在还在 shell 的续行输入模式里：提示符是 >，说明上一行还没结束（通常是引号/反斜杠没闭合，或你手动加了行尾 \ 让 shell 继续等下一行）。

你这条里最可疑的是最后的 \：

bash
awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{c[$4]++} END{for(r in c) print r,c[r]}' "$W/reads.blocks.bed" \
| sort -k1,1 > "$W/read.blockN.tsv"

如果你只想两行管道，不需要在第一行末尾写 \（| 本身就可以换行继续）。你写了 \ 的话，shell 会等你继续补完同一条命令；如果你又不小心让引号不配对，就会一直出现 >。

现在怎么退出这个 >？

• 直接按 Ctrl + C 取消当前未完成命令，回到正常提示符。

正确写法（推荐，带 30 核 sort 加速）

bash
export LC_ALL=C
T=30
TMPDIR="${W}/tmp.sort.$$"; mkdir -p "$TMPDIR"

awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{c[$4]++} END{for(r in c) print r,c[r]}' "$W/reads.blocks.bed" \
| sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" -k1,1 \
> "$W/read.blockN.tsv"

说明：这一步里 awk 还是单线程，真正能吃多核的是 sort --parallel=30。LC_ALL=C 也能让 sort 更快。

如何判断“真在跑”还是“又进入 >”

• 看到 >：一定是在等你输入（不是在跑）。
• 真在跑时不会是 >，而是没有提示符、或者进程在后台；你可以用：

  bash
  ps -u $USER -o pid,stat,etime,pcpu,cmd | grep -E 'awk|sort' | grep -v grep

如果你把你实际敲进去的那一行（从 awk 到末尾）原样贴出来，我也能帮你定位到底是哪一个引号/反斜杠导致 > 的。

你这个截图里还是没有“跑起来”，原因很明确：你又进入了 shell 的续行模式（左边有 >）。也就是说 bash 还在等你把这一条命令补完，所以看起来像卡住。

罪魁祸首是你在这一行末尾加了反斜杠 \：

bash
awk '...' "$W/reads.blocks.bed" \

在管道里换行 不需要 这个 \（| 本身就表示还没结束）。你加了 \，bash 就会继续等“同一条命令”的后续输入，于是出现 >。

---

现在怎么做

1）先退出这个 >（否则你怎么敲都可能黏在同一条里）

按一次：

• Ctrl + C

回到正常提示符（不是 >）再执行下面的正确版本。

---

正确版本（直接复制粘贴即可）

✅ 推荐写法：不要在 "$W/reads.blocks.bed" 后面写 \

bash
export LC_ALL=C
T=30
TMPDIR="${W}/tmp.sort.$$"; mkdir -p "$TMPDIR"

awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{c[$4]++} END{for(r in c) print r,c[r]}' "$W/reads.blocks.bed" \
| sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" -k1,1 \
> "$W/read.blockN.tsv"

你也可以把它写成一行，最不容易出 >：

bash
export LC_ALL=C; T=30; TMPDIR="${W}/tmp.sort.$$"; mkdir -p "$TMPDIR"; awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{c[$4]++} END{for(r in c) print r,c[r]}' "$W/reads.blocks.bed" | sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" -k1,1 > "$W/read.blockN.tsv"

---

如何确认这次是真的在跑

跑起来后不会有 >，你可以另开窗口看：

bash
ps -u $USER -o pid,stat,etime,pcpu,cmd | grep -E 'awk|sort' | grep -v grep

或者看输出文件是否在增长：

bash
ls -lh "$W/read.blockN.tsv"

---

额外小提示

这一段里：

• awk 是单线程（不能用到 30 核）
• sort --parallel=30 能吃多核，但是否明显加速取决于输出行数和磁盘临时空间

你先按上面修正把命令跑起来；如果你愿意，我也可以给你把这一步加一个“进度条/速度显示”（对 awk 这类没有天然进度的，需要换一种写法）。

你这次这条**已经是“一行命令”**了，所以不会再出现 > 续行卡住的问题 ✅
现在屏幕上啥也不输出、光标不回到提示符，大概率是在正常跑（这条会读完整个 reads.blocks.bed，awk 还要在内存里攒一个哈希表，文件大时会很久）。

不过我看到你这一行里有个致命小问题：你把 awk 的程序用双引号包住了：

bash
awk "BEGIN{FS=OFS="\t"}{c[$4]++} END{...}"

这会让 shell 先把里面的 "\t" 当成引号结束/开始，语法其实是不对的（有时会直接报错，有时表现很怪）。

✅ 正确的一行版（请直接复制这条）

bash
export LC_ALL=C; T=30; TMPDIR="${W}/tmp.sort.$$"; mkdir -p "$TMPDIR"; \
awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{c[$4]++} END{for(r in c) print r,c[r]}' "$W/reads.blocks.bed" \
| sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" -k1,1 \
> "$W/read.blockN.tsv"

---

怎么确认现在是不是“真在跑”而不是挂了

另开一个窗口（或者同窗口后台）看进程：

bash
ps -u $USER -o pid,stat,etime,pcpu,cmd | grep -E 'awk|sort' | grep -v grep

再看输出文件有没有生成/变大：

bash
ls -lh "$W/read.blockN.tsv"

---

你想要进度条的话（这一步比较难“精准百分比”）

因为 awk 是在“计数聚合”，没法事先知道会输出多少 key，所以百分比 ETA 不好做。但你可以至少加个“读入速度条”（按输入行数/字节）：

bash
export LC_ALL=C; T=30; TMPDIR="${W}/tmp.sort.$$"; mkdir -p "$TMPDIR"; \
pv "$W/reads.blocks.bed" \
| awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{c[$4]++} END{for(r in c) print r,c[r]}' \
| sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" -k1,1 \
> "$W/read.blockN.tsv"

这会显示正在读 reads.blocks.bed 的速度/已读字节/ETA（按文件大小）。

---

如果你把 ls -lh "$W/reads.blocks.bed" 的大小贴一下，我可以更准确告诉你这一步大概是 I/O 慢还是 awk 内存聚合慢，然后给你进一步的“真加速版”（比如改成排序后分组计数，避免 awk 哈希爆内存）。

你这张图说明两件事：

1. 根本没有 awk/sort 在跑（所以 ps ... | grep -E 'awk|sort' 什么都抓不到）
2. 你 ls -lh "$W/read.blockN.tsv" 变成了去找 /read.blockN.tsv，这意味着 $W 变量在这个终端里是空的/没设置（所以路径被展开成 /read.blockN.tsv）。

所以不是“后台看不到”，而是：命令没跑起来 + 变量没了。

---

先确认变量是不是还在

在你现在这个 shell 里跑：

bash
echo "W=$W"
echo "BAM_TEST=$BAM_TEST"
echo "EXCL=$EXCL"

如果 W= 是空的，就解释了为什么会去访问 /read.blockN.tsv。

你截图里提示符从 (mulocdeep_cpy37) 变成了 (base)，很像是你换了环境/换了会话/换了节点，导致变量没继承。

---

立刻修复：重新设置 W，再跑命令

假设你实际工作目录是当前目录下的某个 W（你自己知道 W 应该指向哪），比如：

bash
W=/path/to/your/workdir   # <-- 改成你真实的 W
export W

然后执行这条 正确的（单行可粘贴）：

bash
export LC_ALL=C; T=30; TMPDIR="${W}/tmp.sort.$$"; mkdir -p "$TMPDIR"; \
awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{c[$4]++} END{for(r in c) print r,c[r]}' "$W/reads.blocks.bed" \
| sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" -k1,1 \
> "$W/read.blockN.tsv"

---

跑起来后怎么确认

立刻开看：

bash
ps -u $USER -o pid,stat,etime,pcpu,cmd | grep -E 'awk|sort' | grep -v grep
ls -lh "$W/read.blockN.tsv"

---

顺便给你一个“不会因为 W 为空就写到 /”的保险写法

强烈建议你以后都这么写（避免 silent bug）：

bash
: "${W:?W is empty. set W first}"
: "${T:=30}"

放在脚本开头，W 为空会直接报错退出，而不是悄悄写到根目录。

---

如果你把 echo "W=$W" 的输出贴一下（以及你希望 W 指向哪里），我可以直接把三段命令都按你现在这个会话的路径一次性写成可跑版本。

对上了：你现在这个终端里 W / BAM_TEST / EXCL 全是空的，所以：

• 你的输出路径 "$W/read.blockN.tsv" 被展开成 /read.blockN.tsv
• 之前那些命令也基本不可能正常跑（输入文件路径也会变成 /reads.blocks.bed 之类）

这通常是因为你换了会话/节点/环境（你提示符也从 (mulocdeep_cpy37) 变成 (base) 了），变量没继承过来。

---

先把变量恢复（你必须做这步）

你需要在当前这个终端重新 export 这三个变量（值用你自己真实的路径/数值）：

bash
export W=/你的工作目录路径
export BAM_TEST=/你的bam路径/xxx.bam
export EXCL=2308   # 例子！用你原来那个EXCL值

不知道它们原来是什么的话，你可以用下面方法找回：

A) 你还在原来的目录里吗？

bash
pwd
ls

看看有没有 reads.blocks.bed、star/、qc/ 这些你前面提到的目录/文件。

B) 找 reads.blocks.bed 在哪（从你当前目录往下找）

bash
find . -maxdepth 4 -name "reads.blocks.bed" -o -name "reads.blocks.r1.bed" -o -name "reads.blocks.r2.bed" 2>/dev/null | head

找到后，把 W 设成那个文件所在目录。

---

变量设好后，先做一个“保险检查”

bash
echo "W=$W"
echo "BAM_TEST=$BAM_TEST"
echo "EXCL=$EXCL"
ls -lh "$W/reads.blocks.bed"

---

然后再跑你要的这一步（30 核 sort 版）

（这是你刚才要做的 read.blockN.tsv 生成）

bash
: "${W:?W is empty}"
export LC_ALL=C
T=30
TMPDIR="${W}/tmp.sort.$$"; mkdir -p "$TMPDIR"

awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{c[$4]++} END{for(r in c) print r,c[r]}' "$W/reads.blocks.bed" \
| sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" -k1,1 \
> "$W/read.blockN.tsv"

---

最关键的一句话

你现在不是“后台看不到”，而是 变量全丢了；先把 W/BAM_TEST/EXCL 在这个终端重新设回来，一切就正常了。

你把 find 找到的 reads.blocks.bed 路径贴出来，我可以直接帮你把 export W=... 写成正确那条（不用你猜）。

啊那就完全解释通了：第二个窗口是新的 shell，会话里当然没有你第一个窗口里 export 的那些变量（默认不会自动继承），所以 W/BAM_TEST/EXCL 都是空的，这就是你看到 /read.blockN.tsv 的原因。

你现在有两条路，选一个最顺手的：

方案 1：在第二个窗口把变量重新导一遍（最快）

在第一个窗口把这三行输出出来（或你自己知道值也行）：

bash
echo "export W=$W"
echo "export BAM_TEST=$BAM_TEST"
echo "export EXCL=$EXCL"

把输出复制到第二个窗口执行一下，就同步好了。

然后再跑你要的命令就不会变成 /read.blockN.tsv 了。

---

方案 2：让第二个窗口直接“接管”第一个窗口的环境（更省事）

如果你不想每次复制变量，可以在第一个窗口生成一个 env 文件：

bash
cat > ~/myvars.sh <<'EOF'
export W='"$W"'
export BAM_TEST='"$BAM_TEST"'
export EXCL='"$EXCL"'
EOF

然后在第二个窗口：

bash
source ~/myvars.sh

之后两个窗口都能用同一套变量（除非你再改）。

---

你这个命令本身是否“卡住”的判断

你在第二个窗口看到的不是卡住，是变量空导致根本没跑对路径。

等你把变量导入后，这条才会真的开始跑：

bash
export LC_ALL=C
T=30
TMPDIR="${W}/tmp.sort.$$"; mkdir -p "$TMPDIR"

awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{c[$4]++} END{for(r in c) print r,c[r]}' "$W/reads.blocks.bed" \
| sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" -k1,1 \
> "$W/read.blockN.tsv"

跑起来后再用第二个窗口看进程才有意义：

bash
ps -u $USER -o pid,stat,etime,pcpu,cmd | grep -E 'awk|sort' | grep -v grep

---

要不你直接把第一个窗口里这三行的输出贴一下（echo "export W=$W" 那种），我就能把你第二个窗口该执行的完整 set+run 版本一次性给你。

好，第二个窗口直接把这三行 copy 过去执行，变量就有了：

bash
export W=/datapool/home/2024561579/zs/internal_readlevel/per_sample/SRR31004474
export BAM_TEST=/datapool/home/2024561579/zs/star/SRR31004474/SRR31004474_Aligned.sortedByCoord.out.bam
export EXCL=2308

然后你在第二个窗口再跑你要的那一步（生成 read.blockN.tsv，sort 用 30 核）：

bash
export LC_ALL=C
T=30
TMPDIR="${W}/tmp.sort.$$"; mkdir -p "$TMPDIR"

awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{c[$4]++} END{for(r in c) print r,c[r]}' "$W/reads.blocks.bed" \
| sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" -k1,1 \
> "$W/read.blockN.tsv"

跑之前可以顺手确认文件在不在：

bash
ls -lh "$W/reads.blocks.bed"

这样就不会再出现去找 /read.blockN.tsv 这种情况了。

我这边没法直接看到你机器上的进程，但你现在这个状态，我可以准确告诉你该怎么看、以及看到什么才算“在跑”。你照着下面在第二个窗口敲就行。

---

✅ 1️⃣ 看进程（最直接）

在第二个窗口执行：

bash
ps -u $USER -o pid,stat,etime,pcpu,cmd | grep -E 'awk|sort' | grep -v grep

如果在跑，你会看到类似：

• 有 awk 进程
• 有 sort --parallel=30 进程
• etime 在增长
• pcpu > 0（sort 可能很高，awk 一般 100% 左右）

例如（示意）：

text
12345 R  00:03:21  98.5 awk BEGIN{FS=OFS=...
12346 R  00:03:21  750.2 sort --parallel=30 ...

👉 这就说明：确实在跑，而且 30 核的 sort 吃上了

---

❌ 如果什么都没有

那说明：

• 命令已经跑完（很快结束）
• 或者前面 awk 因为输入文件问题直接退出了

这时继续第 2 步确认。

---

✅ 2️⃣ 看输出文件有没有生成 / 变大

bash
ls -lh "$W/read.blockN.tsv"

• 文件存在且 size > 0 → 跑过了
• 文件 size 在慢慢变大 → 正在跑
• 文件不存在 → 前面有问题（通常是 $W/reads.blocks.bed 不存在）

你也可以隔 10 秒敲一次看看 size 有没有变化。

---

✅ 3️⃣ 看输入文件到底有多大（判断“慢是不是正常”）

bash
ls -lh "$W/reads.blocks.bed"
wc -l "$W/reads.blocks.bed"

如果是 几千万 / 上亿行：

• 这一条 跑几分钟到十几分钟都是正常的
• awk 要把 $4 全部攒在内存里，本来就不快

---

🧠 关键判断结论（帮你省心）

• 没有 > 提示符 → 不是续行卡住
• 变量已正确 export → 路径没问题
• 这一步慢 ≠ 有问题，是 awk 聚合 + 大文件 sort 的天然慢

---

⚠️ 顺便说一句（很重要）

这一步 awk 是绝对瓶颈，单线程，无法再快。
30 核只有 sort 能用上，awk 用不上，这是工具本身限制，不是你操作问题。

如果你之后觉得这一步还是太慢，我可以给你一个：

• 不在 awk 里建巨大 hash
• 改成 sort + group-by 的流式版本
• 内存压力更小，整体往往更稳

你先按上面 1️⃣ / 2️⃣ 看一眼，把看到的 ps 或 ls -lh 输出贴一行回来，我可以直接帮你判断：
👉 是在正常跑 / 已跑完 / 需要换实现

对，你这个截图基本可以确定：那条管道没在持续跑，而是很快就结束了，并且因为你用了 > "$W/read.blockN.tsv"，所以哪怕上游报错/没输出，也会先把输出文件创建出来（于是你看到一个 0 字节的 read.blockN.tsv）。

最常见原因有 3 个（按概率从高到低）：

1. 输入文件根本不存在 / 路径不对（awk 会报 cannot open file，然后整个管道立刻结束）
2. 上游报错但你没看到（stderr 在窗口里一闪而过，或者你没注意）
3. 磁盘/配额问题（写不进去也可能生成 0 字节）

你按下面这套检查，基本 30 秒就能定位。

---

1) 先确认输入文件到底在不在、有没有内容

在第二个窗口跑：

bash
ls -lh "$W/reads.blocks.bed"
head -n 2 "$W/reads.blocks.bed"
wc -l "$W/reads.blocks.bed"

• 如果 ls 直接报 No such file → 就是原因 #1
• 如果 wc -l 是 0 → 输入本来就是空的
• 如果 head 能看到内容但输出仍是 0 → 看第 2 步

---

2) 让管道“出错就报错”，并把错误写到日志里

用 pipefail + tee 把 stderr 记下来：

bash
set -o pipefail

export LC_ALL=C
T=30
TMPDIR="${W}/tmp.sort.$$"; mkdir -p "$TMPDIR"

awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{c[$4]++} END{for(r in c) print r,c[r]}' "$W/reads.blocks.bed" 2> "$W/read.blockN.err" \
| sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" -k1,1 \
> "$W/read.blockN.tsv"

echo "EXIT=$?"
tail -n +1 "$W/read.blockN.err" | head

你重点看：

• EXIT= 如果不是 0，说明失败了
• read.blockN.err 里通常会直接写明原因（比如找不到文件、权限不够）

---

3) 为什么你会“感觉不是一直在跑”

因为这条命令本身会先创建输出文件：

bash
> "$W/read.blockN.tsv"

只要上游一失败/没输出，你就会得到一个立刻出现但 0 字节的文件，看起来像“没跑”。

---

把下面两条的输出贴我一眼就能直接定案：

1. ls -lh "$W/reads.blocks.bed" 的输出
2. head "$W/read.blockN.err"（或 cat 前几行）

我再帮你把命令修到“一跑就成”的版本。

你这个输入文件完全没问题：reads.blocks.bed 22G、3.968 亿行，所以这一步本来就会很久（而且会吃很多内存）。

你现在真正的问题是：你又把命令写成了续行模式（截图里有 >），还把结尾多打了东西，导致 shell 在等你把命令补完/命令结构被你写乱了——所以你并没有真正把那条“pipefail+errlog”的命令完整跑起来。

---

先做两件事（一定要按顺序）

1）先退出 > 续行

在那个窗口按一次：

• Ctrl + C

确保回到正常提示符（不是 >）。

2）用下面这条一行命令重新跑（不会再进 >）

这条会：

• 记录 stderr 到 read.blockN.err
• 并且用 pipefail 保证上游失败能反映出来
• 30 核给 sort

bash
set -o pipefail; export LC_ALL=C; T=30; TMPDIR="${W}/tmp.sort.$$"; mkdir -p "$TMPDIR"; \
awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{c[$4]++} END{for(r in c) print r,c[r]}' "$W/reads.blocks.bed" 2> "$W/read.blockN.err" \
| sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" -k1,1 \
> "$W/read.blockN.tsv"; \
echo "EXIT=$?"; ls -lh "$W/read.blockN.tsv" "$W/read.blockN.err"; head -n 5 "$W/read.blockN.err"

---

你会看到什么才算“正在跑”

因为这个任务很大（4e8 行），正常跑时会表现为：

• 命令执行后长时间不返回提示符
• 另一个窗口用下面查，会看到 awk/sort 进程：

bash
ps -u $USER -o pid,stat,etime,pcpu,cmd | grep -E 'awk|sort --parallel' | grep -v grep

• 输出文件会逐渐变大：

bash
ls -lh "$W/read.blockN.tsv"

---

重要提醒：这一步的真正瓶颈不是 sort，而是 awk 内存

你这句 awk：

bash
{c[$4]++} END{for(r in c) print r,c[r]}

会把 所有不同的 read name（第4列） 都存进内存里。你这数据量下可能需要几十 GB 内存，内存不够就会非常慢甚至被系统杀掉（OOM），然后你就会得到 0 字节输出或很小输出。

如果你跑完发现 read.blockN.err 里有类似 Killed / Out of memory，那就不是“没跑”，而是被杀了——我可以给你一个不吃内存的等价写法（sort+group by 流式计数），更稳。

---

你现在先按上面“一行命令”重新跑一次，然后把这两样贴回来我就能 100% 判断到底发生了什么：
1）echo EXIT=$? 的输出（那条命令会打印）
2）head -n 20 "$W/read.blockN.err"

你现在这个现象（ps 里看不到 awk/sort，同时 read.blockN.tsv 还是 0 字节）= 那条 awk|sort 根本没在跑，或者 一启动就立刻失败退出（最常见是 awk 程序写法/引号问题、或者直接被秒杀/报错）。

你截图里还有一个关键点：你前面尝试过用 双引号 包 awk 程序（awk "BEGIN{FS=OFS="\t"} ..."），那种写法会把引号搞炸，通常会直接报错然后退出；另外你现在也没把 stderr 打出来，所以看不到原因。

下面别猜了，直接用“强制把错误打出来 + 保证不进入 >”的一行命令跑一次，马上就能看到失败原因。

---

1）先确认输入文件在（你这个是 OK 的）

（你已经验证过了，我就不重复）

---

2）用这一条“带错误日志”的正确命令（复制粘贴）

注意：awk 程序必须用单引号；这是你之前最容易写错的点。

bash
set -o pipefail; export LC_ALL=C; T=30; TMPDIR="${W}/tmp.sort.$$"; mkdir -p "$TMPDIR";
awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{c[$4]++} END{for(r in c) print r,c[r]}' "$W/reads.blocks.bed" \
  2> "$W/read.blockN.err" \
| sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" -k1,1 \
> "$W/read.blockN.tsv";
echo "EXIT=$?";
wc -c "$W/read.blockN.tsv" "$W/read.blockN.err";
head -n 20 "$W/read.blockN.err"

你会得到 3 个关键信息

• EXIT=0 还是非 0
• read.blockN.err 里到底报了什么错
• 输出文件有没有开始变大

把 head -n 20 "$W/read.blockN.err" 的内容贴我，我就能精确定位。

---

3）如果 err 里出现 “Killed” / “out of memory”

那就不是语法问题，而是：你这个 awk 会把 所有 read name 的哈希表放内存里。你的 reads.blocks.bed 有 3.97 亿行，这一步很可能需要几十 GB 内存，内存不够就会被系统秒杀，然后输出 0 字节。

这种情况下要换成不吃内存的等价写法：用排序+分组计数（流式），不需要在 awk 里存巨大 hash：

bash
set -o pipefail; export LC_ALL=C; T=30; TMPDIR="${W}/tmp.sort.$$"; mkdir -p "$TMPDIR";

cut -f4 "$W/reads.blocks.bed" \
| sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" \
| uniq -c \
| awk 'BEGIN{OFS="\t"}{print $2,$1}' \
| sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" -k1,1 \
> "$W/read.blockN.tsv"

这个版本：

• 内存压力小很多
• 还能真正用到你申请的多核（sort 并行）
• 结果和你原来 c[$4]++ 的意图一致（按第4列 read id 计数）

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你现在先跑第 2 步那条“一行带 errlog”的命令，然后把 EXIT 和 read.blockN.err 前 20 行发我，我就能告诉你到底是 语法/引号 还是 OOM/被杀，以及下一步该用哪个版本。

能，而且可以在命令本身里加“实时进度/工作状态提示”，不靠另一个窗口 👍
但要说清楚一个现实限制：你现在这一步有 3.97 亿行，且核心瓶颈是 awk 的聚合，所以“进度”的定义只能是输入读到哪了，而不是“已经算完多少 key”。

下面我给你 3 种可行方案，从最稳妥到最直观，你选一个用就行。

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✅ 方案 1（最推荐）：用 pv 显示“已读行数 / ETA”

这是最可靠、最直观的方式，直接嵌进命令本身。

核心思想

• reads.blocks.bed 是一行一个 block
• 你已经知道它有 396,845,813 行
• 用 pv -l -s <总行数> → 就能显示百分比、速度、ETA

命令（直接用）

bash
TOTAL_LINES=396845813   # 你刚刚 wc -l 算出来的

set -o pipefail
export LC_ALL=C
T=30
TMPDIR="${W}/tmp.sort.$$"; mkdir -p "$TMPDIR"

pv -l -s "$TOTAL_LINES" "$W/reads.blocks.bed" \
| awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{c[$4]++} END{for(r in c) print r,c[r]}' \
| sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" -k1,1 \
> "$W/read.blockN.tsv"

你会看到什么

终端会持续刷新，比如：

  52.3M  13% [====>              ]  1.2M/s  ETA 2:45:10

这表示：

• 已读 5230 万行
• 总体 13%
• 当前速度
• 剩余时间

👉 这已经是你这个任务能做到的“最准进度条”

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⚠️ 重要现实（必须说清楚）

即使进度条在走，这一步后半段可能会明显变慢，因为：

• awk 在 {c[$4]++} 里不断扩张 hash
• 后期 CPU 看似没满，但在等内存/GC
• 这是算法本身的代价，不是你没用满 30 核

进度条“慢下来”≠ 卡死。

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✅ 方案 2：同时显示「读入进度 + CPU 是否在忙」

如果你想更安心，可以加一个“心跳提示”：

bash
TOTAL_LINES=396845813

set -o pipefail
export LC_ALL=C
T=30
TMPDIR="${W}/tmp.sort.$$"; mkdir -p "$TMPDIR"

pv -l -s "$TOTAL_LINES" "$W/reads.blocks.bed" \
| awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{c[$4]++; if(NR%10000000==0) print "processed",NR > "/dev/stderr"} 
       END{for(r in c) print r,c[r]}' \
| sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" -k1,1 \
> "$W/read.blockN.tsv"

这样 stderr 会每处理 1000 万行打印一次：

text
processed 10000000
processed 20000000
...

👉 你能明确看到 awk 还在活着

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🚀 方案 3（强烈建议，真正“快 + 稳 + 有进度”）

我必须直说一句工程真话：

你现在这条 awk 写法，在 4 亿行数据上是“危险的”
内存占用极大，很容易慢到像挂住，甚至被 OOM kill

等价、但工程上更正确的写法（推荐）

bash
TOTAL_LINES=396845813

set -o pipefail
export LC_ALL=C
T=30
TMPDIR="${W}/tmp.sort.$$"; mkdir -p "$TMPDIR"

pv -l -s "$TOTAL_LINES" "$W/reads.blocks.bed" \
| cut -f4 \
| sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" \
| uniq -c \
| awk 'BEGIN{OFS="\t"}{print $2,$1}' \
| sort --parallel="$T" -T "$TMPDIR" -k1,1 \
> "$W/read.blockN.tsv"

为什么这个更好

• 没有巨大 awk hash
• sort 真正用上你申请的 30 核
• 进度条仍然准确
• 工程上更稳定（生产级）

👉 如果这是正式分析流程，我强烈建议你用这个版本

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🧠 最终总结（给你一个明确建议）

• ✅ 能在命令本身加实时进度（pv 是正解）
• ⚠️ 你现在的 awk 聚合在 4 亿行数据上非常吃内存
• ✅ 如果你想「看得见 + 跑得稳 + 用满 30 核」 👉 用方案 3

如果你愿意，我可以帮你把整段 pipeline（从 BAM → blocks → gene → intron）统一改成“可监控 + 并行 + 不爆内存”的版本，一次性帮你收官。