数据准备：收集AP、SIRS/败血症、ARDS（或代理表型）的GWAS summary 质控与标准...

Question

数据准备：
收集AP、SIRS/败血症、ARDS（或代理表型）的GWAS summary
质控与标准化：
统一基因组版本与等位基因；
过滤低INFO/低MAF；
输出SNP计数、MAF/INFO阈值
单表型遗传力：
估计h2、SE、h2-z与intercept：判读混杂（intercept）与功效（h2-z）；若h2-z<~4：标注功效受限，后续结论谨慎
遗传相关：
成对估计：AP–SIRS、SIRS–ARDS、AP–ARDS报告rg、SE、p与cross-trait intercept；
多重校正：FDR或Bonferroni
基因映射与通路富集：
SNP→基因：窗口示例35kb/10kb；
采用竞争性通路富集数据库（Reactome/GO/KEGG/ immune signatures）输出三表型并列与交集；
聚焦炎症/内皮/凝血/代谢通路
因果推断：
AP→SIRS，SIRS→ARDS；以及AP→ARDS总效应；MVMR/中介MR：检验SIRS是否中介AP→ARDS；敏感性：IVW/加权中位数/MR-Egger、MR-PRESSO、Steiger方向、异质性；工具SNP：GWAS显著、独立（r2<0.001）、F>10；避免样本重叠
共定位与精细定位：
对MR或rg指向的关键位点进行SuSiE/FINEMAP；coloc评估是否同一因果变体（报告PP3/PP4与先验）
检查为什么技术路线图和研究方法的书写不一致？哪个是正确的？应该如何修改？

Answer 1

谢谢你把两部分都贴出来。我把图（技术路线图）与文字版“研究方法”逐条对照了一遍，发现不一致主要来自图示过于抽象、遗漏关键前处理与把某些步骤的含义画错。下面给出诊断与修改建议。

哪些地方不一致？为什么？

缺少“数据准备/质控/单表型遗传力”
- 文字里有：统一基因组版本与等位基因、按 INFO/MAF 过滤，并用单表型 LDSC 估计 h²、intercept 与 h²‑z（用于功效把关）。
- 图里没有这三步，所以读者会误以为可以直接做遗传相关，这是不规范的。
“GWAS → MAGMA/FUMA → GSEA”的箭头含义不当
- 文字里写的是“收集GWAS summary，做基于总结统计的基因映射与通路富集”。
- 图的“GWAS→…”容易让人理解成你会在个体水平数据上重新做GWAS。这与“仅使用公开summary”的做法不一致。
因果推断的方向与目标不完整
- 文字里明确：AP→SIRS、SIRS→ARDS 以及 AP→ARDS 总效应；并做 MVMR/中介MR 检验“SIRS是否为中介”。
- 图的上半部分只画了 AP→SIRS→ARDS 的单一路径，没有画 AP→ARDS 的直接/总效应，也没有标注“中介分析/MVMR”，信息不全。
共定位/精细定位与前面分析没有“挂钩”
- 文字里说“对 MR 或 rg 指向的关键位点 做 SuSiE/FINEMAP 与 coloc”。
- 图里把“Colocalization/Fine‑mapping”放在底部，缺少“仅在优先位点上进行”的条件，逻辑关系不清晰。
ARDS 的代理表型说明缺失
- 文字里允许“ARDS（或代理表型）”。
- 图里只写 ARDS，未提示可能使用代理表型，易引起审稿人误解。
多重校正与交叉性状 intercept 的说明缺失
- 文字有 FDR/Bonferroni 与 cross‑trait intercept 检查；
- 图未体现，容易被认为未控制多重比较或未检查混杂。

哪个“正确”？

两者的科学思路是一致的，但文字版更完整、更规范；图是一个“概览版”，目前信息不足、且有一处误导（让人以为要重新做 GWAS）。因此建议以文字版为准，把图改到与文字一致。

建议的修改方案

A. 把技术路线图改成与方法一一对应

可参考下列结构（你可以用此 Mermaid 代码直接生成新图；或据此重画）：

mermaid
flowchart TD
  I[输入：AP、SIRS/Sepsis、ARDS/代理 的GWAS Summary] --> Q[统一与质控：build/等位基因；MAF≥1%、INFO≥0.8；输出SNP数]
  Q --> H[单表型LDSC：h²、SE、intercept、h²‑z；h²‑z<4标注功效受限]
  H --> R[双性状LDSC：遗传相关 rg + cross‑trait intercept；FDR/Bonferroni 校正]
  R --> G[基因映射：MAGMA/FUMA（窗口例 35kb/10kb）]
  G --> E[竞争性通路富集：Reactome/GO/KEGG/Immune signatures；三表型并列与交集]
  R --> M[因果推断（两样本MR）]
  E --> M
  subgraph MR分析
    M1[AP→SIRS]
    M2[SIRS→ARDS]
    M3[AP→ARDS（总效应/直接效应）]
    M4[MVMR/中介MR：检验SIRS是否中介]
    M5[敏感性：IVW、加权中位数、MR‑Egger、MR‑PRESSO；Steiger方向；异质性；工具SNP r²<0.001、F>10；避免样本重叠]
  end
  M --> C[共定位与精细定位：在MR或rg优先位点上用SuSiE/FINEMAP；coloc报告PP3/PP4与先验]

同时把图中的“GWAS → MAGMA/FUMA → GSEA”改为“Summary‑based MAGMA/FUMA → Gene‑set enrichment”。

B. 对“研究方法”做的微调（与新图完全对齐）

数据准备：明确“仅使用公开的 summary statistics；若ARDS样本不足，采用代理表型（举例列出 ICD/表型编码）”。
质控与标准化：给出统一到的参考基因组（hg19 或 hg38），MAF/INFO 阈值与剔除后 SNP 计数。
单表型遗传力：写清软件（LDSC）、LD 参考（1KG/EUR 或相应人群），并注明“h²‑z<4 的性状，下游结果仅探索性解释”。
遗传相关：写“双性状 LDSC、报告 rg、SE、P 与 cross‑trait intercept；多重校正方法（FDR/Bonferroni）”。
基因映射与通路富集：注明“MAGMA/FUMA 的窗口（例 35kb/10kb）、注释数据库（Reactome/GO/KEGG/immune），输出三表型并列与交集，重点标注炎症/内皮/凝血/代谢通路”。
因果推断：分条列出 AP→SIRS、SIRS→ARDS、AP→ARDS；再写“中介/多变量 MR”；工具SNP选择、去相关、F 统计量、样本是否重叠；敏感性与方向性检验。
共定位与精细定位：加上“仅在 MR 或显著 rg 指向的位点进行”，注明使用 SuSiE/FINEMAP 与 coloc，并按 PP3/PP4 报告。

一句话总结

以文字版为基线，把图补上“前处理与可用性把关（QC + 单表型 h²）”、把“GWAS→”改成“基于 summary 的映射/富集”，并在因果推断中明确 AP→ARDS 与 中介分析；最后把“共定位/精细定位”限定为对优先位点进行。
这样两者就完全一致、也更能通过审稿人的方法学检查。

数据准备：收集AP、SIRS/败血症、ARDS（或代理表型）的GWAS summary 质控与标准...

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