检查研究方法是否正确，和技术路线图怎么不一致？如何修改？

下面先帮你「体检」一下方法是否合理，再指出和右侧技术路线图不一致的地方，最后给出一版可直接照搬的修改稿（含每一步该做什么与判定条件），这样你的文字版研究方法就能与路线图对齐。

1) 方法是否正确？——总体评价与关键注意点

你的思路总体是对的：
收集 AP / SIRS(或以脓毒症替代) / ARDS 的 GWAS 摘要数据 → 统一与质控 → 用 LDSC 做单表型 h² 与跨性状遗传相关 (r_g) → 再做下游生物学解释（通路富集）与因果推断（MR、共定位/精细定位）。
需要补强的要点：

表型定义要统一且可获得 GWAS 数据：图上写 SIRS，文字里写 “SIRS/败血症(sepsis)”。SIRS 与 sepsis 并非同义（sepsis≈感染诱导的 SIRS），多数公开 GWAS 是 sepsis，几乎没有 SIRS 的正式 GWAS。建议全程统一为“Sepsis（SIRS 的代理表型）”，并在方法里明确“采用 sepsis 作为 SIRS 的替代”。
LDSC 的前置条件：
- 病例-对照性状需要换算到责任度量 (liability scale)；
- 需报告并检查 h2_z ≥ 4 才有足够功效继续做 r_g；
- 单性状与跨性状 intercept 用来判断群体结构/样本重叠混杂，明显偏离 1 时要谨慎解读或改用 block jackknife SE、分层分析等。
多重校正要覆盖所有组合：r_g 三组两两组合 + 通路/基因集分析（FDR 更合适；若预注册的假设很少，Bonferroni 也可）。
MR 可行性：AP、ARDS、sepsis 的全基因组显著工具变异可能较少，需提前评估工具强度 (F-stat)；若工具不足，加入 GSMR/CAUSE/LCV 等多基因 MR/因果方法，或将 MR 明确写成“在具备足够工具变异的前提下进行”。

2) 不一致之处在哪里？

术语不一致：图上“SIRS”，文字里“SIRS/败血症”。
步骤粒度不一致：右图包含 Pathway enrichment 与 Causal inference 两层，左侧方法只写到“遗传相关”，缺少与右图对应的两节内容及其判定/参数。
顺序呈现不一致：右图从“遗传相关 → 富集 → 因果”，左侧方法写成“单表型遗传力 → 遗传相关”，但没有把“质控/统一、遗传力检查”明确画进路线图。
箭头语义容易误导：右图 AP→SIRS→ARDS 表示临床进展，但遗传相关是对称的，不带方向；MR 才是方向性检验。需要在图或方法里说明“箭头仅代表临床演进，统计分析会同时做双向 MR（含反向）”。

3) 具体怎么改？——对齐后的“方法+路线图”模板

3.1 文本版研究方法（建议直接替换你的 01–04，并补充到 07）

01 数据准备

收集三种性状的 GWAS 摘要数据：Acute Pancreatitis (AP)、Sepsis（作为 SIRS 的代理）、Acute Respiratory Distress Syndrome (ARDS)。记录祖源、样本量、病例/对照数、表型定义与来源。
若多祖源，先做祖源分层分析，再考虑跨祖源整合。

02 质控与标准化

统一参考基因组构建与等位基因方向；去除 INDEL、基因组难区、MHC（可选）；去除歧义位点 (A/T、C/G)；
过滤低质量变异（INFO≥0.8 或 0.9，MAF≥0.01；与 LDSC 推荐一致）；
计算并输出：SNP 数、INFO/MAF 阈值、病例/对照数、有效样本量 N_eff；病例对照性状换算到责任度量。

03 遗传架构体检（单性状）

用 LDSC 估计 h²、SE、h2_z 与单性状 intercept；
判定：h2_z ≥ 4 方进入下一步；若不足，标注“功效受限”，后续仅报告探索性结果或改用更大样本/合并 GWAS。

04 遗传相关（跨性状）

对 AP–Sepsis、Sepsis–ARDS、AP–ARDS 分别用 LDSC 估计 r_g、SE、p 值，同时报告 cross‑trait intercept 评估样本重叠/混杂；
多重校正：对三组 r_g 进行 FDR（或 Bonferroni）。

05 基因/通路富集（与右图对齐）

逐性状做 MAGMA 基因分析（1000G/UKB 对应祖源 LD 参考；SNP→基因 ±50kb 或按 eQTL 映射）；
基因集富集（GSEA/GO/KEGG/MSigDB），报告 FDR<0.05 的通路；
可选：对三性状做共享基因/通路的交集或元分析，及组织/细胞类型富集（MAGMA gene‑property / LDSC‑seg）。

06 因果推断（与右图对齐）

双向两样本 MR：AP→Sepsis、Sepsis→ARDS、AP→ARDS 及三组的反向 MR；
工具选择：p<5×10⁻⁸（必要时放宽至 5×10⁻⁶ 并做弱工具敏感性），r²<0.01、10,000 kb 剔除连锁，去除回文位点；
主要方法：IVW；稳健性：MR‑Egger、加权中位数/加权模式、异质性(Q)/MR‑PRESSO；
工具不足时，补充 GSMR/CAUSE/LCV 等多基因方法；
报告方向一致性、效应量、敏感性结果与样本重叠评估。

07 共定位 / 精细定位（与右图对齐）

对跨性状共享位点与 MR 关键位点做 COLOC 或 SuSiE‑COLOC；
用 FINEMAP/SuSiE 得到 95% 可信集合；
结合 GTEx eQTL（胰腺、肺、血液等相关组织） 解释可能因果基因。

以上 01–07 与右图三层模块是一一对应的：
01–02 = 数据统一与质控；03–04 = Genetic correlation（含单性状体检作为前置）；05 = Pathway enrichment；06–07 = Causal inference（MR）+ Colocalization/Fine‑mapping。

3.2 路线图怎么改？

在最上游增加一块“Data QC & Harmonization / Heritability check”（对应步骤 01–03），放在 “Genetic Correlation” 之前。
把 SIRS 全部改成 Sepsis（SIRS 的代理），并在图角落加一句小字说明：“Sepsis 用作 SIRS 的替代表型”。
箭头说明：保留 AP→Sepsis→ARDS 作为临床进展（可用虚线箭头或加注“clinical course”），分析模块右侧注明：“r_g 为相关性（无方向）；方向性由 MR 检验，并进行双向分析”。
维持右侧三层蓝色模块，但在最下层“Causal Inference”下加上小字：“Two‑sample MR（IVW+敏感性）→ Colocalization / Fine‑mapping”，与文字 06–07 完全一致。

4) 快速检查清单（落地时别忘了）

祖源一致的 LD 参考与分层分析
责任度量换算与 N_eff
h2_z ≥ 4 与 intercept≈1 的门槛
r_g 与 cross‑trait intercept 同时报告
富集分析用 FDR<0.05，给出基因映射窗口或 eQTL 规则
MR 工具筛选、连锁剪枝与全部敏感性；必要时补充 CAUSE/LCV
关键位点共定位 + 可信集合 + 相关组织 eQTL 证据
多重比较与复现/外部验证（若有独立数据）

小结

你的核心思路没问题，不一致主要来自术语与步骤粒度/顺序。按上面 01–07 的文本方法与路线图微调后，两者就能完全对齐，而且每一步都有明确的判定条件与下一步衔接标准，可直接用于论文“方法学”与图注。

检查研究方法是否正确，和技术路线图怎么不一致？如何修改？

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